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Não há mistério! É só vc utilizar o emulador correto (que tem a função link).

Aí vai o link pra vc baixar direto do site oficial:

http://www.vbalink.info/download-gba-emulator.htm

Baixe a versão 1.72, que faz link muito mais fácil do que a 1.8. Só use a última se vc quiser wireless adapter, mas se vc quiser apenas trocar, pode usar a versão 1.72 msm.

Quando fizer o download, abra duas janelas do vba (abra o emulador duas vezes).

Não aumente a tela. Vá em options --> Emulator e verifique se o SYNCHRONIZE está MARCADO e o PAUSE WHEN INACTIVE WINDOW está DESMARCADO. Provavelmente estarão. Isso vc fará nas duas janelas.

Agora, apenas na segunda janela, vá em Options --> Joypad --> 2, e coloque uma nova configuração de joypad. Depois em Options --> Joypad --> Default Joypad --> 2. Pronto, agora a janela 1 funciona com a configuração padrão (A - Z, B - X, Movimentação - Setas e Star - Enter) e a janela 2 funciona com a nova configuração que vc colocou.

Agora abra os dois jogos uma em cada janela, vá na mulher em cima do centro pokemon, e troque!

Qualquer dúvida me manda um e-mail. Vc pode fazer isso na minha página de perfil, que pode ser acessada clicando no meu nome.