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Em cladística, autapomorfia é um caractere derivado que está presente, exclusivamente, em um único táxon terminal de um determinado cladograma. Serve como distinção entre grupos (espécie, família, gênero), por tal caractere não ser encontrado em mais de um deles. Não deve ser confundido com "sinapomorfia", já que esta se refere a um caractere derivado compartilhado por mais de um grupo. Um exemplo de autapomorfia é a presença de um único dedo funcional nos eqüídeos, sendo que a presença de cinco dedos é condição plesiomórfica.

Sinapomorfia é uma palavra de origem grega que pode ser traduzida como “forma evoluída em comum” (sin= mesmo; comum / apo= superior; evoluído / morfia= forma). Sinapomorficas são características que duas ou mais espécies compartilham em comum e que as diferenciam de seu ancestral comum. Por exemplo as glândulas mamárias são consideradas sinapomorfias dos mamíferos não estando presentes no ancestral réptil que deu origem aos mamíferos.

Autapomorfia por sua vez é uma característica evoluída que é encontrada somente dentro uma espécie (ou de um táxon terminal) e que não é compartilhada. Por exemplo, a presença de tromba é uma autapomorfia dentro dos mamíferos, já que só evolui entre os elefantes não sendo compartilhada por outros mamíferos.

Portanto, se quisermos separar um táxon de outro (como mamíferos dos répteis, por exemplo) temos que usar sinapomorfias (ex. glândulas mamárias) em vez de autapomorfias (presença de tromba) para construir nossos cladogramas de classificação.

Repare que sinapomorfias e autapomorfias podem ser conceitos relativos. A presença de tromba, por exemplo, é uma autapomorfia dentro dos mamíferos (só evoluiu nos elefantes) ao mesmo tempo que é uma sinapomorfia dentro dos elefantes já que é uma carateristica em comum entre os elefantes que separa ele dos outros mamíferos.

Sinapomorfia, para a Biologia, são caracteres homólogos apomórficos compartilhados por dois ou mais táxons. É a situação que se observa quando dois táxons apresentam o mesmo caractere, e este representa uma forma derivada apomórfica frente a outra ancestral plesiomórfica.

Analogamente, chama-se simplesiomorfia a um caractere homólogo compartilhado, quando é plesiomórfico.

Apenas as sinapomorfias constituem argumentos válidos em favor da monofilia do grupo de táxons que as compartilha.

As sinapomorfias se constituem, assim, no fundamento para a classificação filogenética (baseada no parentesco) dos seres vivos. Graças a elas se definem os grupos holofiléticos (chamados de monofiléticos, segundo Willi Hennig).

Os caracteres com que se descrevem os grupos parafiléticos, definidos pela exclusão de um grupo holofilético de outro maior, são as simplesiomorfias.

O termo, introduzido por Hennig, está no centro da metodologia da análise filogenética.

Autapomorfia é a sinapomorfia compartilhada por apenas um táxon terminal de um determinado cladograma.