Segundo a nova regra ortográfica, as palavras paroxítonas que têm i ou u tônicos, precedidos por ditongo, não serão mais acentuadas. Por isso, Parnaíba não perdeu o acento e Bocaiuva sim.

Porque sem acento, o "ai" é ditongo.

Bo-cai-u-va

Par-nai-ba

Com acento, o ai vira hiato

Bo-ca-íu-va (Sendo que não é assim)

Par-na-í-ba

Porque segundo as regras da gramática nome próprio pode ser do jeito que você quiser e achar melhor.