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Apesar de ambos serem do mesmo fabricante, a Autodesk, e o 3DS Max permanecer no mercado há mais tempo (acho que o 3DS Max ainda não saiu do mercado pois há um grande público muito fiel ao programa), há grandes diferenças em recursos que um programa faz melhor do que o outro.

Ambos fazem a tarefa de modelagem,animação, iluminação e textura muito bem, e a interface e comandos são muito próximas, mas nota-se diferenças em muitos pontos.

A linguagem script do Maya é muito mais flexível do que o 3DSMax. Trabalhar também com efeitos de partículas e efeitos de dinâmica tornam o Maya muito versátil (ele inclusive tem uma versão para Linux). Isso torna um dos fatores importantes para que empresas de TV e cinema utilizem o Maya como o preferido para criação de efeitos visuais.

O 3DSMax tem a vantagem por ser um ótima ferramenta para produções em maquete eletrônica e games. Modelar, iluminar e texturizar no 3DS Max é muito versátil, ainda mais com a integração com o renderizador VRay. O 3D Max também tem um recurso excelente que é o Reactor, que simula leis físicas no ambiente 3D.

Há pessoas que acham 3DS Max muito mais complicado para animar do que o Maya, outros podem ter opiniões opostas. Penso o Maya como um programa bem mais complexo como um todo.

Considere que também é pelo gosto de cada um, ou porque que já se acostumaram com determinado programa, ou porque utilizam para suprir algumas funções que o outro não faz tão bem.