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Em citologia, cílios são apêndices das células eucarióticas com movimento constante numa única direção. Este nome provém do latim, com o significado de pestana, pela sua similaridade aparente.

Os cílios são estruturalmente idênticos aos flagelos e, por essa razão, estes termos são muitas vezes usados para as mesmas estruturas. No entanto, geralmente usa-se o termo cílios nos casos em que eles são numerosos e curtos.

Os cílios encontram-se em todas as espécies de animais excepto nos artrópodes e nemátodes. São raros nas plantas, mas ocorrem, por exemplo, nas cicadáceas. Os protozoários com cílios (por exemplo, do filo Ciliophora ou ciliados) usam-nos na locomoção ou simplesmente para moverem o líquido em que se encontram.

O ser humano e os outros mamíferos têm células ciliadas no revestimento interno da traqueia e brônquios, que servem para reter muco e poeira que poderiam prejudicar os pulmões, e também nos ovidutos, onde eles ajudam o óvulo a mover-se do ovário para o útero.

Cada cílio é formado por uma membrana que protege uma matriz de nove microtúbulos que rodeia um núcleo central de dois microtúbulos. Normalmente chama-se a este tipo de organização uma estrutura 9 + 2.