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São a mesma coisa, porém a que segue a norma culta ou padrão é "em dúvida".

fiquei em dúvida é a expressao correta pois vce nao esta na duvida tipo de modo direto e sim de modo indireto uma vez que a dúvida depende de vce para existir..portanto é fiquei em dúvida...espero ter ajudado