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Provavelmente esse capacitor de 400V é o filtro para estabilizar a tensão, que vem logo após os diodos retificadores, se vc trocar por um de 250V, ele vai pifar logo(logo mesmo), para 150uF 400V não vai mudar muito a estabilização, estará apenas com uma reserva um pouco maior.

A rigor um carregador de baterias não precisa de eletroliticos para filtrar a tensão de carga. Ele carrega com os picos dos semiciclos das senoide da rede, sem filtrar. Provavelmente esse eletrolitico é usado para filtragem de circuito eletronico do controle de tensão/corrente.

Quanto a sua segunda pergunta, o problema está no uso de condensador de tensão mais baixa. O condensador de 250 V vai explodir. Explic: 400 V é usado quando se tem filtragem de rede 220 ou dobrador em 110 V (após retificação). Use um de 400 V. O fato de alterar de 100 para 150 não tem tanta influencia neste caso.