Por se tratar de pergunta, o auxiliar vem depois do pronome interrogativo : What is she doing?, What are you doing?

What did you did yesterday? ou What are you did yesterday? todas estão incorretas.

Se você usou o did o verbo principal deve aparecer na forma nominal.

What did you do yesterday?

Na frase interrogativa, o verbo auxiliar vem antes do sujeito: What is she doing?

Com o verbo TO BE, não se usa o auxilar DO/DOES.

O que você fez ontem? = What DID you DO yesterday?

MAKING e DOING têm usos diferentes. Geralmente, make é usado quando há ideia de produzir, criar. DO é mais quando a ideia é de executar.

Make a cake = fazer um bolo

DO the homework = fazer o dever de casa.

o verbo vem sempre antes do pronome na pergunta

What is she. What are you. (Porque com o verbo to be não se usa o do, e o are é uma conjugação do verbo to be)

O correto é What did you DO yesterday, porque o did já tá no passado e o outro verbo fica no infinitivo.

O making é mais coisas físicas, tipo fazer uma imagem, etc. Do é fazer ações, tipo fazer uma caminhada, etc.

Depende, um é afirmação, outro pergunta.

Se for afirmação o correto é a segunda frase, mas com um complemento.

- What she is doing... is worng (o que ela esta fazendo é errado)

Se for pergunta é o primeiro sempre

- What is she doing? (o que ela esta fazendo?)