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MP4 e MKV, são dois formatos muito bons, na verdade gosto dos dois, mas sempre prefiro o MP4, por ter seu tamanho menor com qualidade talvez ate superior que o do MKV...

Hoje em dia o formato MP4 esta muito popupar muitos animes, e filmes são hospedados na net com este formato, então ele deve ser bom!

Valeu!

O melhor é o MKV

Por que um arquivo MKV é um formato contêiner de fonte aberta.

MKV Matroska é um arquivo - Com o seu design futurista um recipiente de fonte aberta que abriga uma quantidade ilimitada de vídeo, áudio, legendas e até mesmo dados em um único arquivo. O seu principal objectivo é criar um formato universal para unificar ou multimédia armazenamento com a vantagem de estar completamente fonte aberta.

O MKV ganhou popularidade rapidamente, transformando-se na extensão de arquivo preferida para vídeos de alta definição (HD)

Suas características ultrapassar mesmo os de arquivos AVI e MP4.

Mkv com certeza! É um formato livre com qualidade semelhante ao vob (dvd).

Já o mp4 é um formato proprietário da Apple usados nos ipods e iphone e macs, é como o wmv ou wma do windows, mas é um formato comprimido de vídeo ou áudio, como o avi ou mp3.