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O Audacity é um programa gratuíto de edição de áudio e tem uma boa quantidade de recursos:

http://www.baixaki.com.br/download/audacity.htm

O Sound Forge, segundo o Baixaki, "é considerada uma das mais poderosas — senão a mais poderosa — ferramentas de edição de áudio do mercado. Utilizado em grande parte dos estúdios de gravação e edição de áudio, este software de poder de fogo incrível está presente também nas casas de editores amadores."

A versão disponível no link abaixo é a versão trial. Se você gostar deste aplicativo procure a versão full através de P2P.

http://www.baixaki.com.br/download/sony-sound-forg...

Os aplicativos acima não colocarão automaticamente efeitos entre as faixas. Isto terá que ser feito manualmente.

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