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O melhor seria refazer toda a instalação aproveitando a troca dos eletrodutos, seria muito difícil substituir os tubos de ferro sem tirar os fios e ha o perigo de descascar o fio quando puxar os mesmos, muito cuidado, contrate um bom eletricista para fazer isto e mande ele recalcular e redistribuir os disjuntores, com energia não se arrisca.

Se você providenciar o aterramento do cano não haverá problema. No caso de alguma descarga acidental, a mesma será desviada para a terra. Mas o aterramento deverá ser executado por profissional habilidado para que seja funcional. Não basta apenas cravar uma haste e ligá-la ao cano, sem saber qual a resistência do aterramento após executado.

Porém seria mais adequado você trocar o cano. Neste caso o mais indicado, mesmo sem conhecer as características do local, seria um de PVC.

Canos de ferro jamais deveriam ser usados para passar fio elétricos. Esses canos são condutores de energia e se o fio estiver descascado, na fase, é curto ou choque na certa.

O que pode ser feito é, substituir os canos por conduites de pvc ( internamente ) ou eletrodutos ( externamente ). Vc tem que ver o que´cabe melhor a sua necessidade.